Le 1 octobre, La Poype tente, contre les ordres de Carteaux, de prendre le Mont Faron. Il est sévèrement repoussé par une contre-attaque de Lord Mulgrave et de l'espagnol Gravina. Cet échec redonne courage aux assièges qui tente une sortie. Celle-ci aurait pu réussir sans l'arrivée de Bonaparte à qui même l'infanterie obéit naturellement. Bonaparte commence a désespérer: il n'a encore à sa disposition que 24 canons et 4 mortiers. Carteaux lui-même supportait mal ces manifestations d'indiscipline. Sa femme essayait de le ramener à la raison : " Laisse faire ce jeune homme, il en sait plus que toi; il ne te demande rien; il te rend compte, la gloire te reste, et s'il commet des fautes, elles seront pour lui ". Finalement c'est le "capitaine canon ", comme l'appelait Carteaux qui eut le dernier mot. Le 23 octobre, le commandant en chef se voit assigner un nouveau commandement par la Convention qui en même temps, dirige 28 000 à 30 000 hommes de renfort sur Toulon.

Dés le 45 novembre, le bataillon de la Côte d'Or, ayant vu un des siens maltraité par les espagnols, attaque sans ordre. Il est bientôt suivi par d'autres bataillons jusqu'à comprendre l'effectif d'une division. Doppet laisse Bonaparte diriger le combat. Mais les anglais opèrent une vigoureuse contre-attaque. Doppet, effrayé, s'écroule, touché par une balle, ordonne la retraite. Bonaparte résume la situation "Le Jean Fourre qui a fait battre la retraite, nous fait manquer Toulon ".

Heureusement, la Convention décide d'envoyer, en remplacement de Doppet, un vrai chef : le digne et galant homme, le brave et respectable général Dugommier, gentilhomme de la Guadeloupe, dont le premier souci sera de réorganiser sa troupe et surtout de rétablir la discipline.

L'armée du siège est maintenant forte de 30 000 hommes de bonnes et mauvaises troupes dira Bonaparte. Mais cette armée manquait de vivres. Les autorités constitués qui résidaient à Marseille, ne connaissant pas les projets du siège de Toulon que par la disette qui allait en croissant, proposèrent à la Convention de lever le siège, d'évacuer la Provence et de repasser la Durance. La situation devenait préoccupante. Ce n'était plus seulement Toulon qui était en jeu, c'était une partie de la France qui pouvait passer sous le contrôle des royalistes et des anglais

Le 25 novembre, les français tiennent un conseil de guerre. Comme d' habitude Carnot avait envoyé un plan d'opérations. Celui-ci diffère assez peu de celui préconisé par Bonaparte. C'est d'ailleurs lui qui sera désigné pour rédiger le procés-verbal de la séance. En résumé, il fallait prendre le fort de l'Eguilette, expulser les anglais des rades et pendant ce temps attaquer le mont Faron. De plus, le conseil avait approuvé l'établissement des batteries fait par Bonaparte. Celle-ci portent des noms évocateurs, bien dans leur époque car nous sommes en pleine Terreur : batteries " des Sans-Culottes ", " des Républicains du Midi " ou " des Jacobins " , " des Hommes sans peur ", " de la Convention ", etc .

Le temps passait, occupé en coups de mains, escarmouches et combats tel celui " de la chaude et heureuse " journée du 30 novembre si bien racontée par chuquet : " Le général anglais O' Hara qui commandait en chef les forces alliées, résolut d'enlever la batterie de la Convention. Le 30 au matin, 2 350 hommes , 400 anglais, 300 sardes, 700 napolitains, 700 espagnols et 250 français, sous les ordres du général-major David Dundas se réunissent entre les forts Malbousquet et Saint-Antoine. Ils passent la Rivière-Neuve sur un seul pont. Ils se divisent en quatre colonnes. Ils marchent à travers des champs plantés d' oliviers et coupés par des murs de pierres. Ils gravissent silencieusement et sans confusion des pentes taillées en terrasses. Ils débouchent soudain sur le plateau des Arènes et ils surprennent les troupes qui gardaient la batterie de la Convention. Ils enclouent les canons. Le général Garnier accourt et s'efforce de rallier son monde. Ses bataillons, de nouvelle levée pour la plupart, se dispersent sous une pluie de balles et sous le feu terrible de Malbousquet. Une poignée d' hommes découragés, hésitants, reste encore autour de Garnier et finit par plier. Les alliés poussent en avant, se dirigent vers la route d' Ollioules qu'ils atteignent, arrivant au village ils s'emparent du parc d'artillerie. Mais au lieu de se reformer sur la cime longue et étroite de la montagne et de l'occuper solidement, les assaillants, entraînés par leur impétuosité, quittent le plateau, s'élancent à la poursuite des républicains, escaladent les hauteurs voisines avec ardeur, s'éparpillent de divers côtés. Il était neuf heures. A cet instant, Dugommier arrivait sur le lieu du combat et dans son indignation, hurlait sur les fuyards et les frappait à coups de sabre. Il pria Garnier qui connaissait le terrain de conduire les volontaires dauphinois.

Garnier plaça 250 hommes derrière un grand pan de mur et avec le reste se jeta sur la droite. A onze heures, il faisait battre la charge et trois bataillons, guidé par lui, montaient à l'assaut de la hauteur des Arènes. Les alliés disséminés, commençaient à rétrograder. Ils voulurent envelopper Garnier, descendirent vers la droite et tombèrent sur le bataillon de l'Isère qui les attendait derrière le mur et sur deux autres bataillons que le général Mouret envoyait de la division du centre. Accueillis par un feu très vif, craignant d'être débordés et coupés de la ville, ils prirent la fuite. O' Hara, sorti de Toulon pour se rendre compte de l'affaire, était à la batterie de la Convention lorsqu' il vit les siens revenir à la débandade. Brave et prodigue de sa vie, croyant réparer le désastre, il courut témérairement à la rencontre des républicains. Il fut blessé au bras et le sang qu'il persait lui causa une telle défaillance qu'il dut s'asseoir au pied d'un mur. Au même moment, un officier, portant l'uniforme rouge, qui se promenait froidement sur la plate-forme, monta sur l'épaulement pour voir d'où venait cet accident. Un coup de fusil, parti du boyau, lui cassa le bras et il tomba au pied du talus, les soldats le tirèrent à eux et le portèrent dans le boyau. C' était le général en chef O' Hara. Il disparut ainsi au milieu de son armée sans qu'elle s' en aperçut. Il fit connaître son grade au commandant d'artillerie qui n'était autre que Bonaparte.

Chuquet affirme que Bonaparte se trompe et que ce n'est pas O' Hara que Bonaparte a fait prisonnier. Toujours est-il qu'il avait payé bravement de sa personne.. Le Représentant de la République dans son rapport à la Convention le reconnaît " Dugommier, Garnier, Mouret et bonaparte se sont très bien comportés Il écrit à Bouchotte, ministre de la Guerre : " Je manque d'expression pour te peindre le mérite de Bonaparte : beaucoup de science, autant d'intelligence et trop de bravoure, voilà une faible esquisse de ce rare officier. C'est toi, Ministre, de le consacrer à la gloire de la République

Au même moment, Dugommier, aprés avoir rallié ses troupes, avait débordé la droite de l'znnemi et menaçait de couper les communications avec la ville, ce qui le décida à la retraite.